У меня была похожая проблема, когда запускалась только НВ (писал в этой теме уже). Однако переустановив альтернативным способом, моды все же стали запускаться, но не всегда... Проследил закономерность: если запускать стартер "с правами администратора" (win 7), то выбранный мод запустится исправно, если просто щелкнуть по ярлыку - то запустится НВ...
P.S. Кстати, если устанавливать готику в корень диска (D:/Gothic 2), то действительно ли улучшится быстродействие, исчезнут пара багов и т.д. (ну или что там должно изменится...), или же это только на теории??