Сделал патч:
zOverlayOrderFix.patch
oCNpc::RemoveOverlay - больше не нарушает порядок оверлеев в списке
oCNpc::Unarchive - после чтения оверлеев из сейва меняет их порядок на противоположный
oCNpc::UnShrink - будет применять оверлеи в прямом порядке, а в случае, когда оверлей не удалось применить (например, оверлей был удалён в новой версии мода) удалит его из списка с сохранением порядка остальных элементов.
Патч не чинит сохранения, где оверлеи уже в неправильном порядке сохранены.