Касательно проблем с материнкой.
Единственная возможность частичной потери звука (кроме неисправности колонок) - проблема с разъемом. Во всех других случаях диагностика POST выявит ошибки начальных данных работоспособности устройств (напр. подача тока), а после загрузки системы, диагносты драйвера проведут "разведку" во всех остальных данных устройства (амплитуда, частоты, и проч. - каждый раз когда включаешь комп проходит около сотни тысяч разнообразных тестов).
Это в Винде 98 могло быть так, что что-то глючит, и об этом комп "не знает". Если что-то с каким-либо чипом не так, и это сказывается на сигнале на выходе, любая карта - чипная она или на отдельном PCB - это точно отобразит в менеджере устройств. А так как 7ка и Виста к тому же автоматически такое дело выводят на рабочий стол, думаю, проблема все-таки в колонках.
Тем более что уши от колонок для сигнала НИЧЕМ не отличаются, а фронт панель просто проводами соединяет входы/выходы от карты с удаленными разъемами. Сигнал дублируется, даже нет: это тот-же сигнал, просто переключаемый на другие "вилочки" для подключения. Если бы с ним были проблемы, это сказалось бы и на ушах. Раз нет - либо задний разъем физически поломан (современные карты умеют такое определить за счет "обратной связи" (feedback) с разъемами и определяют все, вплоть до того, вложен ли правильный джек в разъем), либо динамики.
