Это довольно неосмотрительно, что движок игры перезаписывает старые файлы. Следовательно, файлы, которым нет замены, остаются от предыдущего сейва. Никому до сих пор в голову не приходило, сначала удалять старый сейв, а потом уже создавать папку с новым?
Ещё можно создавать нулевой файл для каждой непосещённой ранее локации, но это увеличит размер всех сейвов, и время сохранения, так что нет