Известная проблема самого движка, тут уже где-то про неё говорилось. Вроде как исправили на новой версии форума, но эта версия сейчас на бета тесте, так что на рабочий форум её не ставлю.
Вообще, проявляется на разных браузерах по-разному, из-за разного времени хранения кук.
Ещё как вариант именно в твоём случае, ты путаешь кнопки - "Непрочитанные ответы" и "Непрочитанные сообщения".
Т.е., тут может быть если в первом случае у тебя всё прочитано, то совсем не означает, что так же оно и в последнем. Первая кнопка, та непрочитаные в темах в которых ты сам отвечал, а вторая, общее число новых на форуме (где ты мог и не отвечать), но они показываются.
Ещё вариант, сообщения могут быть в третьем по уровню подразделе.
Там в меню есть самая последняя кнопка "Все сообщения", она по идее должна показывать все непрочитаные тобой сообщения, в независимости от обновления кук.