В стимовской версии сейчас устанавливается dinput.dll. Попробуй его забекапить, удалить и без него поиграй. С ним мышка у меня лучше кстати работает, но может тебе как раз она и мешает.
Также попробуй 2 варианта
[MOUSE]
EnableWrapper = 1
ForceMouseControl = 1
NoDirectXAxisMode =0
и
[MOUSE]
EnableWrapper = 1
ForceMouseControl = 0
NoDirectXAxisMode =1