При переводе через программу, тебя не волнует, как устроены скрипты, что надо делать для этого, как собирать и пр. Ибо скрипты на расширителях не собираются через всеми любимый Gothic Source.
Полученный csv файл это просто работа для переводчика.
Со скриптами ты должен иметь хоть какое-то понятие, что можно переводить, что нельзя и пр. (В EGMT это учтено, там нет строк, которые нельзя переводить)
Так что в текущих реалиях проще делать через EGMT, а если у тебя есть уже сделанная база перевода ориг игры Гер-Рус, то переводить надо то, что добавлено/изменено модом, что ускоряет в разы перевод, чем будешь руками переносить ориг перевод.