Теоретически пропажа предметов, типа книг, шкатулок и остальных, которые можно использовать из инвентаря - может происходить из-за изменений, которые сделали, чтобы бороться с дублированием предметов.
Например, если читать несколько книжек подряд и скипать фразы ГГ при чтении правой кнопкой мышки, то в какой-то момент книга может оказаться у ГГ в правой руке.
Раньше, в такой ситуации, можно было просто вытащить оружие или перейти к чтению следующей книги и висящая в руке книга дублировалась в инвентаре.
Сейчас же книга просто исчезает.
Я не утверждаю, что дело именно в этом, но пару книжек я потерял подобным способом.
Возможно с самородками тоже сходная проблема ... чёт-то там при прерывании анимации/фраз ГГ, во время задействования их в крафте - они исчезают )
Или как-то так ...
Кстати - есть какой-то совет для тех, у кого игра начала вылетать после выхода из помещения и попытки зайти в любое другое или в ворота ?