Не, ни в коем случае, не всегда так, ну если модов мало, то и порядок не особо важен. Будем говорить о 100+ модов на борту.
Сперва должны идти моды с высоким приоритетом, ESM. Здесь к гадалке не ходи, все официальные DLC в ESM на них и ориентируемся.
Некоторые ESP идут с короной и также игрой воспринимаются как ESM.
Порядок загрузки должен быть выше всех модов, но ниже официальных DLC.
Хотя есть моды которые идут выше, например текстурно-погодные, Зимний Скайрим например.
Оружие и броня, в обще не важно в каком порядке, это если они не затрагивают определенные аспекты игры, ну там уровневые списки или завязаны на квесты.
А так LOOT их правильно расставляет, неоднократно проверено.
Так-же патчи должны идти ниже самих модов.
LOOT перемешивает моды, это да, но в самой утилите, просто указывать надо порядок загрузки и все.
Реквием кстати вместе с патчами от самого мода должен идти вверху но ниже DLC
Так как он затрагивает почти все аспекты игры и должен грузится раньше остальных модов.
Реплейсеры и ретекстуры и реколоры и любые другие моды не имеющие esp и esm ставятся когда угодно и в любое время.
Просто нужно понять принцип работы LOOT, он делает что, он считывает мастер файлы и задает им приоритет.
Многие жалуются на неправильный порядок, это просто, многие модмейкеры забывают или не хотят прописывать мастер файлы в моде и LOOT ставит их по дефолту, поэтому разработчики сделали, обработку данных и возможность вручную прописать порядок загрузки.
Выставив правильный порядок, сортируем плагены, и потом сохраняем.
После этого при следующей сортировке LOOT он будет правильно сортировать, так как в памяти у него уже будет указан порядок загрузки и проблемы на этом заканчиваются.
Так-же можно перепроверить, открыть WB и посмотреть, если плагены горят зеленым то все стоит правильно, если горят оранжевым то тоже хорошо, если желтым или красным то это уже плохо, значит не хватает мастер файлов, но об этом и LOOT бы сообщил.
Для полной совместимости создаем Башет патч и забываем про баги и вылеты.
Кстати вылеты в основном не из-за не правильного порядка модов, а из-за не правильной работы Скриптов или грязных плагенов.
LOOT об этом сообщает, тогда просто ставим утилиту TES5Edit и двумя щелчками решаем проблему.
Или смотрим в Папирус лог критическую ошибку, и исправляем ее, если не исправляется, удаляем этот мод что ее вызывает, после чистим сейв от скриптов и все, можно и дальше наслаждаться игрой!!!
Хотя Реквием может идти и середине загрузки модов, все зависит от самих модов их приоритета и важности.
Вот простой пример, возьмем мод на броню.
1 Ее можно выковать просто в кузне имея соответствующий перк.
2 Так же броня выковывается в кузне имея соответствующий перк, но и книгу например на ее изготовление.
И вариант 2 будет идти намного выше других модов на броню, которые просто куются.
А оружие и броня имеющие уровневые списки еще выше.
На счет перемешивает геймплейные и косметические моды, это было всегда и будет, если моды сделаны так что порядок загрузки не имеет значения.
Плюс моды в которых нет скриптов ставятся всегда как попало, например на траву-деревья на дороги и ретекстуры содержащие esp, в них только прописаны пути и все, и они так-же безопасны для удаления.
В общем вначале всегда идут тяжелые моды и дальше по убывающей.
Скажу так, 100+ модов без нареканий вручную трудно поставить, ведь для этого и существуют такие утилтты как LOOT и BOSS.
Так-же если слишком много модов в BSA, то лучше их распаковать и игра будет плавней идти.
Взять тот-же The Journey, там в обще ни одного BSA нет.
И если много модов на броню и оружие, что-бы не напрягать лаунчер, можно ESP этих модов объединить в один, и нагрузки станет меньше, а значит и игра будет работать стабильнее.
Подробно можно ознакомится
здесь
Играю в реквием ещё с 1.7.3 версии, и что тогда, что сейчас - кол.во патчей не изменилось. И что тогда любители поставить 100500 бесполезных модов ныли, что патчей мало, что сейчас. И кстати, не всем мода нужны патчи совместимости, ты должен быть в курсе, если как ты говоришь "я давно на хрониках". 
